A belső ellenőrzési feladatokat a Belső Ellenőr látja el. A Belső Ellenőr az Elnök irányítása alatt áll. A Belső Ellenőr feladatai bizonyosságot adó tevékenysége körében:

• elemezni, vizsgálni és értékelni a belső kontrollrendszer kiépítésének, működésének jogszabályoknak és szabályzatoknak való megfelelését, valamint működésének gazdaságosságát, hatékonyságát és eredményességét,
• elemezni, vizsgálni a rendelkezésre álló erőforrásokkal való gazdálkodást, a vagyon megóvását és gyarapítását, valamint az elszámolások megfelelőségét, a beszámolók valódiságát,
• a vizsgált folyamatokkal kapcsolatban megállapításokat következtetéseket és javaslatokat megfogalmazni a kockázati tényezők, hiányosságok megszüntetése, kiküszöbölése, vagy csökkentése, a szabálytalanságok megelőzése, illetve feltárása érdekében, valamint az Egyetem működése eredményességének növelése, és a belső kontrollrendszerek javítása, továbbfejlesztése érdekében,
• nyilvántartani és nyomon követni a belső ellenőrzési jelentések alapján megtett intézkedéseket.

A Belső Ellenőrnek bizonyosságot adó tevékenysége során szabályszerűségi, pénzügyi, rendszer- és teljesítmény-ellenőrzéseket, illetve informatikai-ellenőrzéseket kell végezni.

A Belső Ellenőr feladatai tanácsadó tevékenysége körében:

• vezetők támogatása az egyes megoldási lehetőségek elemzésével, értékelésével, vizsgálatával, kockázatának becslésével,
• pénzügyi, tárgyi, informatikai és humánerőforrás-kapacitásokkal való ésszerűbb és hatékonyabb gazdálkodásra irányuló tanácsadás,
• a vezetőség szakértői támogatása a kockázatkezelési és szabálytalanságkezelési rendszerek és a teljesítménymenedzsment rendszer kialakításában, folyamatos továbbfejlesztésében,
• tanácsadás a szervezeti struktúrák racionalizálása, a változásmenedzsment területén,
• konzultáció és tanácsadás a vezetés részére a szervezeti stratégia elkészítésében,
• javaslatok megfogalmazása az intézmény működése eredményességének növelése és a belső kontrollrendszerek javítása, továbbfejlesztése érdekében, az Egyetem belső szabályzatainak tartalmát, szerkezetét illetően.
• A Belső Ellenőr kötelezettségeit és jogosultságait az Irányító Testület által jóváhagyott Belső Ellenőrzési Kézikönyv határozza meg.